Istoria Seminarului Capucin începe în anul 1992, an în care Frații Capucini de la Napoli, Italia, au ajuns în România, răspunzând invitației PS Petru Gherghel, Episcop de Iași. În acel moment s-a ivit oportunitatea de a forma candidați la viața consacrată în spiritul carismei capucine, „in loco”, adică fără a-i rupe din realitatea în care s-au născut și au crescut, oferindu-le o formare de bază prin deschiderea unui Seminar Teologic Liceal. Această realitate a devenit posibilă și prin perspectiva și contribuția însemnată a pr. Eduard Sechel, paroh de Onești între anii 1981-1996, un admirator și iubitor al confratelui nostru român capucin, fericitul Ieremia Valahul, și prieten al Fraților Capucini.

Neexistând o clădire proprie, pr. Eduard Sechel și Frații Capucini veniți pe meleagurile noastre (pr. Ubaldo Oliviero, pr. Vittorio Clemente și Mario Querini) închiriază un întreg etaj al căminului de nefamiliști care aparținea Tehnocinului, pe malul Cașinului, situat pe str. Republicii, la care se încep lucrările de îmbunătățire: se amenajează săli de clasă, bucătărie, sală de mese, dormitoare și o capelă. „Forul tutelar” local a fost Liceul de Chimie, actualul Colegiu Tehnic “Petru Poni”, de unde veneau și majoritatea profesorilor pentru predarea disciplinelor de studiu. Pentru disciplinele teologice de specialitate formarea seminariștilor a fost asigurată de preoții din Parohia Onești, în special de vicarii parohiali din acei ani (pr. Ferenț Tancău și pr. Inocențiu Arcana), de pr. Anton Ioan (paroh de Pârgărești) și de pr. Ioan Caităr, preot pensionar din Onești.

La 30 octombrie 1992, PS Petru Gherghel, celebrând o Sfântă Liturghie solemnă prilejuită de aniversarea beatificării fericitului Ieremia Valahul, binecuvântează și inaugurează Seminarul Capucin. Pr. Vittorio Clemente este primul director al Seminarului.

Din vara anului 1994 s-a alăturat echipei inițiale de entuziaști și fr. Marian Ianoș, fiind numit „prefect de studii și disciplină“, având o contribuție majoră la dezvoltarea Seminarului, atât prin străduința de a închiria noi spații în aceeași incintă, întrucât numărul seminariștilor ajunsese la 125, cât și prin grija pentru documentația necesare funcționării, conform legislației în vigoare în acel timp.

Între timp, Frații Capucini au început construirea propriilor clădiri, iar în toamna anului 2000, atunci când construcția a fost inaugurată, Seminarul Teologic s-a transferat din locația improprie de pe str. Republicii, în actuala locație din str. Belvedere, nr. 7. Un an mai târziu s-au început demersurile pentru transformarea sa în liceu de sine stătător, actualul Liceu Teologic „Fericitul Ieremia”.

În ultimii ani de funcționare de sine stătătoare a Seminarului, echipei inițiale i s-au adăugat alți preoți capucini italieni, printre care pr. Leonardo Izzo, pr. Valentino Parente (director între anii 1998-1999), pr. Giuseppe Donelli (director între anii 1999-2005) și pr. Cicero Diaz Sampajo (brazilian). În semestrul II din anul școlar 2005-2006, conducerea Seminarului a fost asigurată de pr. Augustin Dogaru. Între anii 2006-2009 director al Seminarului a fost pr. Lucian Dumea, urmat de pr. Mihail Vacaru între anii 2009-2014 și pr. Cristinel Ghiurca între anii 2014-2017. O contribuție meritorie la formarea seminariștilor a avut-o pr. Mario Querini, părinte spiritual al multor generații de seminariști.

Din anul 2018 director al Seminarului este fr. Irimia Bejan. În prezent sunt 14 de seminariști, care doresc să-și dedice viața urmării lui Cristos pe urmele și după exemplul sfântului Francisc de Assisi și al fericitului Ieremia Valahul.