În anul 1205, dorind să devină cavaler, Francisc pleacă la luptă în Puglia, dar la Spoleto un vis îi dă peste cap toate planurile. Se întoarce la Assisi și începe o perioadă de căutare a sensului și a valorii vieții.
Câteva episoade din viața sa sunt fundamentale pentru drumul convertirii: sărutarea leprosului și întâlnirea cu crucifixul de la „San Damiano”, de la care aude invitația: „Francisc, mergi și repară Biserica mea, care, după cum vezi, se dărâmă!”.
Dorind din tot sufletul să împlinească voința Domnului, Francisc repară material câteva biserici, descoperind, abia mai târziu, că misiunea sa era aceea de a repara Biserica spirituală. Acum, știind clar care este vocația sa, Francisc se despoaie de toate averile sale pentru a trăi Evanghelia, în sărăcie totală. Acest stil de viață își va face loc imediat și printre tinerii din Assisi, astfel încât se va forma un prim grup de discipoli: Bernard, Petru, Egidiu, Masseo, care se vor stabili la Rivotorto.
Francisc, fiind un om al păcii, prin exemplul său va aduce o reînnoire sănătoasă în societatea timpului său și în Biserică. Pentru el creația este asemenea unei case pe care Dumnezeu a dăruit-o tuturor oamenilor; de aceea, în creație el contemplă înțelepciunea, puterea și bunătatea lui Dumnezeu. Astfel, numește orice creatură „frate” și „soră”, deoarece le percepe ca pe un dar și mijloc pentru a ajunge la Dumnezeu. Pentru această atitudine a sa, în anul 1979, fericitul papă Ioan Paul al II-lea l-a numit patronul ecologiei.
Francisc este și un om al rugăciunii, un om devenit rugăciune. Prin intermediul rugăciunii Francisc dobândește puterea necesară pentru predicarea Evangheliei; dorința sa de nestăvilit de a predica Evanghelia l-a condus până în Egipt, pentru a-i predica sultanului. De asemenea, le recomanda fraților săi să se roage „deoarece – spunea el – nimeni nu face progrese în slujirea lui Dumnezeu fără rugăciune”. Din acest motiv îi făcea mare plăcere să se retragă, pentru perioade de timp mai lungi sau mai scurte, în locuri izolate, cum ar fi: Greccio, La Verna, Narni, Monte Casale, Fonte Colomba.
Fiind îndrăgostit de Cristos, Francisc alege să trăiască asemenea lui. Pentru el sărăcia însemna dezlipirea de lucrurile lumești pentru a-și putea fixa privirea către cele cerești. Alegând castitatea, Francisc a renunțat la o familie a sa din iubire pentru Cristos; mai apoi a găsit o familie mult mai mare, aceea a fraților și a persoanelor care merg la el. Astfel, prin castitate, Francisc renunță la o iubire particulară pentru o iubire universală. Ascultarea, pentru Francisc, înseamnă a-l recunoaște pe Dumnezeu ca unic Domn, care își manifestă voința și prin intermediul oamenilor. El îi numește pe superiori Miniștri, adică slujitori, aceia care îi ajută pe frați să descopere voința lui Dumnezeu.
Francisc construiește viața sa și a fraților săi pe observarea strictă a sărăciei evanghelice, trăind într-o fraternitate în care toți sunt egali și frați, în slujirea celor nevoiași. Pentru a obține aceasta scrie o regulă care a fost aprobată de papa Honoriu al III-lea în anul 1223.
Unul din semnele cele mai evidente ale vieții lui Francisc este bucuria. El are întotdeauna în față cuvintele Domnului: „Cine crede în mine va avea viața veșnică”. Această garanție a vieții veșnice este, pentru Francisc, un izvor de o mare seninătate spirituală chiar și în încercările și suferințele cele mai grele ale vieții. Tocmai datorită acestui mod de a trăi Evanghelia cu bucurie i se alătură și alți frați, chiar și în zilele noastre, fascinați fiind de persoana sa.
O caracteristică tipică a spiritualității lui Francisc este devoțiunea sa față de umanitatea lui Cristos și față de Euharistie. În Dumnezeul care devine om Francisc vede culmea umilinței din iubire față de oameni.
În dimineața zilei de 14 septembrie 1224 cerul se deschide și, Cristos răstignit, însoțit de un Serafim, coboară pe muntele Verna și imprimă în trupul lui Francisc stigmatele, pe care le va purta până la întâlnirea cu sora moarte. Astfel, Francisc devine primul creștin care primește darul sfintelor stigmate; acestea, împreună cu angajarea sa de a trăi o viață evanghelică, au făcut ca să fie numit și cunoscut drept „Alter Christus”.