Frații capucini au ajuns pe teritoriul actual al României, conform ultimelor cercetări, din Austria și Boemia (mai apoi și din mănăstirile din Ungaria, în urma restructurării acestora), în urma eliminării ocupației otomane a acestor teritorii (pașalâcul de Buda și cel de Timișoara, ambele cuprinzând teritoriul aferent din dreapta Dunării, entități teritoriale rezultate în urma victoriei turcești de la Mohacs – 1526 – și a desființării regatului medieval al Ungariei). În urma falimentului asediului din 1683 asupra Vienei de către armatele otomane, Imperiul habsburgic și-a recuperat treptat teritoriile de influență, colonizând unele zone, recent recuperate, cu persoane de limbă germană provenind din alte zone ale imperiului. O parte din acești coloniști germani au ajuns și pe teritoriul Bihorului actual, bogat în diverse zăcăminte minerale, unde aceștia erau necesari ca specialiști în minele de acolo, dar și în alte domenii. Astfel s-a ivit necesitatea de a li se asigura acestora asistența spirituală, întrucât în zonă confesiunea romano-catolică aproape că dispăruse sau era reprimată în urma diferitelor reforme din secolul al XVI-lea.
Astfel, în 1725, capucinii din provincia austriacă primesc în donație un teren în partea nouă a cetății Oradea, unde vor construi o biserică închinată Sfintei Fecioare, cu titlul „Vizita Fericitei Fecioare Maria” (hram la 31 mai) și o mănăstire, care va fi focarul de răspândire a capucinilor în zona Bihorului, întrucât acolo au mai existat și alte 4 prezențe, una temporară și altele 3 fixe, cel puțin până spre sfârșitul secolului al XVIII-lea (Oradea, 1725-1948, respectiv 1974, cu moartea ultimului călugăr capucin; Săcuieni, 1729-1772; Diosig, 1729-1772; Băița, 1741-1793; Vascău, temporar, în absența unui paroh diecezan). Dintre toate aceste prezențe, doar cele din Oradea și Săcuieni s-au bucurat de statutul de convente, celelalte fiind doar simple capelanii ale celor de mai sus.
O altă prezență pe teritoriul actual al României de azi este cea de la Constanța. În urma cuceririi Georgiei de către imperiul țarist, capucinii au fost alungați din Georgia și s-au stabilit inițial la Trebizonda (Trapezuntul cronicarilor noștri din vechime, actualul Trabzon din Turcia). Ulterior, aceștia s-au stabilit la Varna, la Burgas (ambele în Bulgaria de azi) și la Constanța, în 1860, unde, anul următor, 1961, se deschide și o parohie catolică încredințată acestora, ca urmare a prezenței numeroșilor lucrători de origine italiană și germană sosiți acolo pentru reamenajarea și modernizarea portului, decisă de autoritățile otomane. Capucinii își construiesc acolo o casă, care va funcționa ca mănăstire și biserică parohială până la construcția primei biserici, ce va fi finalizată mai târziu, în 1885-86. În urma războiului de independență de la 1877-78, Dobrogea intră în componența Principatelor Unite, iar autoritățile competente ecleziastice decid să încredințeze pastorația credincioșilor de acolo călugărilor pasioniști. Astfel, după o prezență de 18 ani, capucinii de la Constanța se retrag și se stabilesc pe la alte convente ale Ordinului din Bulgaria.
Beatificarea fratelui capucin Ieremia Valahul (1556-1625) la 30 oct. 1983 de către fericitul papă Ioan Paul al II-lea a oferit ocazia căutării de soluții pentru aducerea confraților acestui prim sfânt catolic român pe meleagurile natale. Astfel, episcopul diecezei de Iași s-a adresat ministrului general de atunci, fr. Flavio Roberto Carraro, cerându-i să trimită pentru inițierea și răspândirea spiritualității capucine un grup de frați. Ministrul General a adresat invitația Provinciei capucine din Napoli, unde și-a trăit viața călugărească și s-a sfințit fratele Ieremia. Invitația a fost acceptată: doi confrați, fr.Ubaldo Oliviero și fr.Vittorio Clemente și-au asumat această misiune și au sosit în România în toamna anului 1992, stabilindu-se la Onești, unde era prezent deja un alt confrate, fr. Mario Querini, din provincia romană și unde un alt entuziast al confratelui nostru, pr. Eduard Sechel, începuse construcția unui sanctuar închinat Fericitului Ieremia.
Ziua de 24 sept. 1992 este data oficială a începerii noii prezențe capucine pe meleagurile natale ale Fericitului Ieremia Valahul. Imediat, noii sosiți trec la treabă și deschid un seminar liceal destinat pregătirii viitorilor frați capucini români, închiriind și amenajând o parte dintr-un cămin de nefamiliști, seminar ce a fost inaugurat pe 30 octombrie același an, în ziua aniversării beatificării patronului spiritual.
În 2005, alături de clădirea sanctuarului, s-a început construcția conventului din Onești, o aripă a acestuia fiind destinată ca local pentru Seminarul liceal, transformat apoi în Liceu catolic pentru tinerii de pe Valea Trotușului. Clădirea a fost terminată și sfințită în anul jubiliar 2000.
Cu trecerea timpului prezența capucină a prins contur prin deschiderea unor alte mănăstiri, destinate continuării formării culturale, spirituale și teologice: la Borzești (postulandat), Nehoiu (noviciat) și Roman (studii teologice), astfel că la 8 mai 2005, printr-un decret al ministrului general din acel timp, fr. John Corriveau, este declarată și constituită Custodia „Fericitul Ieremia Valahul”, primul custode fiind numit fr. Ubaldo Oliviero, care și-a făcut o misiune din a readuce în țară moaștele patronului spiritual, lucru care i-a reușit, moaștele sale sosind în România în mai 2008. După un pelerinaj triumfal prin mai multe localități răspândite pe tot teritoriul țării, acestea au poposit la Onești în ziua de 31 mai 2008, fiind depuse în cripta sanctuarului, la eveniment fiind prezenți mai mulți episcopi, zeci de preoți și nenumărați credincioși.
La capitolul electiv din vara aceluiași an 2008 a fost ales primul custode român, în persoana fr. Leon Budău (reales și în 2011).
Ulterior datei de constituire a Custodiei, s-au deschis și alte convente: la Sighetu Marmației (MM), la Slobozia (CL) și la Târgu Lăpuș (MM). De asemenea, Custodia „Fericitul Ieremia Valahul” din România este membră a CECOC (Conferința Capucinilor din Europa Centrală și de Est), iar Curia Custodiei se află la Onești, în Conventul „Fericitul Ieremia Valahul”.